La Cour des comptes du Bénin est construite dans une large mesure sur les valeurs des juridictions financières résumées ci-dessous. L’indépendance vis-à-vis des pouvoirs exécutif et législatif est un des principes fondateurs des juridictions financières. Elle se vérifie tant dans leurs choix de programmation que dans l’adoption de leurs rapports et leur publication. La contradiction est un principe général en matière de justice. Son respect se traduit par l’envoi d’une version provisoire du rapport. Les organismes contrôlés font part de leurs observations qui sont prises en compte dans la version définitive. La collégialité est une valeur importante pour les juridictions financières. Les rapports sont toujours examinés collégialement. Aucun rapport n’est l’œuvre d’une seule personne, ce qui garantit l’objectivité et l’impartialité des travaux.
La mission de la Cour des comptes, au double volet juridictionnel et non juridictionnel, s’inscrit dans une dynamique permanente de vérification, d’information et de conseil par laquelle elle contribue, aux termes des dispositions de l’article 7 de sa loi organique :
Le volet juridictionnel de sa mission consiste à juger les comptes des comptables publics (notamment les comptables principaux de l’État), déclarer les gestions de fait et en juger les auteurs, puis sanctionner les fautes de gestion.
Le volet non juridictionnel consiste à la veille sur le bon emploi des deniers publics à travers différents types d’audits.
La Cour s’assure du « bon emploi des crédits, fonds et valeurs ». Ce type de contrôle recouvre le contrôle de la performance de la gestion (efficience, efficacité, économie) et le contrôle de sa régularité.
L’examen de gestion est un contrôle de nature administrative : il ne débouche pas sur la reddition d’un jugement mais d’une communication administrative, publique ou non.
Cette mission de la Cour revêt donc quatre dimensions.
Chaque mission incarne une responsabilité majeure dans la régulation, la transparence et le contrôle de la gestion publique au Bénin.