La Cour peut exercer différentes formes de sanctions selon la nature des fautes et la qualité des responsables. Voici les principales modalités :
La Cour peut infliger des amendes ou un débet à tout comptable ou ordonnateur fautif.
Les directeurs centraux peuvent faire l’objet de procédures disciplinaires selon leurs actes.
La Cour peut saisir les autorités hiérarchiques pour des mesures disciplinaires adaptées.
Toute faute grave peut être transmise aux juridictions compétentes pour poursuite pénale.